체스 대회에 참가하는 경시청의 시라토리 경부를 응원하기 위해 담임 코바야시 선생님과 부담임 와카사 선생님의 인솔 하에 동행한 코난과 어린이 탐정단. 하지만 석궁 살인 사건이 벌어지고, 현장에 있던 경시청 수사 1과의 관리관 쿠로다 효우에는 강렬한 기시감을 느끼며 17년 간 미제사건으로 남아있는 일본의 전설적인 장기 기사 하네다 코지와 미국의 대부호 아만다 휴즈의 살인 사건을 떠올린다. 당시 피해자를 최초로 발견하며 수사를 펼쳤던 쿠로다는 하네다 코지와 아만다 휴즈의 풀리지 않는 다잉 메시지, 그리고 사라진 아만다 휴즈의 보디가드에 대한 내용을 코난에게 알려주고 실마리를 찾으려 한다. 코난은 현재와 교차하는 ‘그날’의 진상에 대한 단서를 풀어나가고, 그 시각 검은 조직의 2인자 럼 또한 17년 전 사건의 목격자이자 유일한 생존자인 아만다 휴즈의 보디가드인 레이첼 아사카를 집요하게 추적하는데…. 끝맺지 못한 17년 전의 사명, 멈췄던 시간이 다시 흐른다! 검은 조직 VS 경찰 VS 코난. 17년 만에 다시 시작된 엔드 게임!